Принцип рТМС состоит в использовании серии электро-магнитных стимулов, посылаемых с разной частотой на определенные участки головного мозга. Индуцированное магнитное поле может вызывать тормозящий или возбуждающий эффект. Действие рТМС на рецепторы нервных клеток подобно действию антидепрессантов - стимулируется выработка эндорфина, серотонина. Улучшается передача импульсов между нейронами для активации при депрессивных, астенических состояниях или уменьшается повышенная возбудимость при тревожных или панических состояниях.